Tháng 7 năm 1994, RPF kiểm soát được toàn lãnh thổ Rwanda sau khi đánh bại đội quân Hutu 40.000 người và buộc khoảng 2 triệu công dân lưu vong tại Burundi, Tanzania và Zaire cũ. RPF, sau đó, đã thiết lập chính phủ lâm thời thống nhất.

Ngày 19 tháng 7 năm 1994, một chính phủ đa sắc tộc được thành lập và cam kết những người tị nạn có thể trở về nước. Cho đến năm 2004, đã có 500 người bị xử tử và hơn 100 ngàn người phải ngồi tù. Tuy nhiên một số kẻ cầm đầu vẫn còn lẩn trốn và nhiều nạn nhân vẫn chưa đòi lại được công bằng thỏa đáng. Ngày 26 tháng 12 cùng năm, toà án xét xử tội phạm quốc tế mở tại Arusha, Tanzania đã xét xử tội diệt chủng Rwanda. George Rutaganda, thủ lĩnh Interahamwe nhận án tử hình vào tháng 12 năm 1999.

Ngày nay, Rwanda dưới sự lãnh đạo của Tổng thống Paul Kagame đang cố gắng gạt những căng thẳng và bất đồng sắc tộc vào quá khứ. Chính phủ dưới quyền lãnh đạo của người Tutsi đã ban hành sắc lệnh cấm phân biệt sắc tộc. Người ta cũng tiến hành tái giáo dục những người trước đây sống chết với khẩu hiệu "quyền lực của người Hutu"[2]. Vấn đề sắc tộc, cũng như những ám chỉ có thể gây kích động, hằn thù dân tộc đều bị chính phủ kiểm soát chặt chẽ. Động thái dứt khoát loại bỏ khỏi các cuốn sách giáo khoa, giấy tờ cá nhân và trên các phương tiện thông tin đại chúng khác thông tin về chủng tộc (Hutu hay Tutsi), đã được thực thi toàn quốc. Toà án phán xét tội phạm đã được thiết lập và những người dân địa phương được tập họp và thuật lại vụ sát hại mà mình biết hoặc trải qua và "vạch mặt chỉ tên" kẻ hung bạo giết người man rợ[2]. Đôi khi các nạn nhân cũng dễ dàng tha thứ cho tội lỗi đã qua của những người Hutu giờ đây đã biết hối cải.

Các vụ truy xét những phần tử chủ mưu và thủ ác trong vụ diệt chủng tại Rwanda vẫn tiếp tục trong thời gian gần đây. 17 năm sau khi xảy ra vụ diệt chủng, Cựu Bộ trưởng Pauline Nyiramasuhuko (nữ) đã bị kết án tù chung thân vì đã chỉ đạo và hỗ trợ cho các cuộc thảm sát dã man tại Rwanda.Các công tố viên của Toà án Hình sự quốc tế về nạn diệt chủng ở Rwanda (ICTR) cũng lên tiếng cáo buộc nữ bộ trưởng này vì tội danh có tham gia ban hành quyết định của chính phủ nhằm thiết lập lực lượng dân quân khắp cả nước với nhiệm vụ chính là “xoá sổ hoàn toàn” dân tộc Tutsi càng nhanh càng tốt. Trong phán quyết của toà án có đoạn: "Toà tuyên án bà Pauline Nyiramasuhuko về các tội danh bao gồm: có âm mưu diệt chủng và giết người hàng loạt, từng phát động các cuộc đàn áp, bạo lực và cưỡng hiếp… vi phạm nghiêm trọng đến nhân quyền, nhân phẩm và danh dự của nhiều người." Các bằng chứng được đua ra tại tòa cho thấy Pauline Nyiramasuhuko đã liên tiếp ra lệnh hãm hiếp các bé gái và phụ nữ rồi ép họ lên những chiếc xe tải trong tình trạng không mặc gì để chở đi "hành hình". Trong khi đó, con trai của bà ta, Arsene Ntahobali Shalom cũng cầm đầu một lực lượng dân quân trong các vụ thảm sát từ khi mới 20 tuổi, cũng như có dính líu tới nhiều vụ hiếp dâm phụ nữ xảy ra tại Rwanda trong thời gian 100 ngày diệt chủng. Theo chánh án William Sekule, những người thuộc dân tộc Tutsi đã bị sát hại sau khi trốn trong một văn phòng chính phủ tại địa phương. Ông này cho biết: "Họ cứ nghĩ vào đó là sẽ được an toàn, nào ngờ lại tự biến mình trở thành nạn nhân của nạn cưỡng hiếp, bắt cóc và giết người. Những chứng cứ được tìm thấy đã mô tả đầy đủ, rõ nét nhất về những hành động tra tấn và cưỡng hiếp vô cùng tàn bạo". Hai mẹ con bà Nyiramasuhuko đã bị toà kết án tù chung thân. 3 bị can còn lại đều bị phạt từ 25-35 năm tù.[6]